Eine weitere Nährstoffsenke ist die Überdüngung in der Landwirtschaft. Überschüssige Mineraldünger werden aus dem nährstoffübersättigten Boden ausgewaschen und gelangen so in das Grundwasser oder in Oberflächengewässer, wo der Nährstoffeintrag zu einer unerwünschten Eutrophierung führt. Ein Nährstoffverlust kann auch bei der direkten Anwendung von Gülle oder Gärresten aus der Biogasproduktion stattfinden, da sie keine für den jeweiligen Pflanzenbedarf optimalen Nährstoffzusammensetzungen von beispielsweise Stickstoff und Phosphor enthalten. Bei der direkten Anwendung von Gülle oder Gärresten als Düngemittel wird eine Nährstoffbilanz benötigt, die nur auf einen Nährstoff (normalerweise Stickstoff) bezogen berechnet werden kann. Der Einsatz unkontrollierter Nährstoffmengen in organischen Düngern kann insbesondere in Gebieten mit intensiver Tierhaltung zu einer Nährstoffübersättigung führen und damit Umweltschäden hervorrufen. Beispielsweise stammen über 70 Prozent der Stickstoff- und 50 Prozent der Phosphoreinträge in die Oberflächengewässer Deutschlands in der Zeit von 2003 bis 2005 aus der Landwirtschaft [2]. Deswegen wird die optimale Nutzung von Gärresten zukünftig eine zentrale Rolle im Betrieb von Biogasanlagen spielen, wie 2010 vom Umweltbundesamt betont wurde [2].

[2] V. Mohaupt et al. (2010); Gewässerschutz mit der Landwirtschaft, Umweltbundesamt