Funktionelle Genomanalysen

Leistungsangebot

In unserer Arbeitsgruppe haben wir einen dreistufigen Arbeitsprozess etabliert, der die Schritte der Probenaufbereitung und der Sequenzierung im Labor wie auch die abschließende, bioinformatische Analyse abdeckt.

Die mittlerweile sehr umfangreiche Auswahl an Probenaufbereitungsprotokollen und bioinformatischen Auswertungsstrategien erschließt uns dabei Anwendungsgebiete, die von Sequenzierungen des humanen Erbmaterials mit Fokus auf der Früherkennung von Tumorerkrankungen, über De-novo-Genom- und De-novo-Transkriptomsequenzierungen biotechnologisch relevanter Produktionsstämme oder humanpathogener Erreger bis hin zu detaillierten Bestimmungen komplexer Bakterienpopulationen in Biozönosen (Metagenome) reichen.

Etablierte NGS-Technologien am Fraunhofer IGB

 

  Leselänge Reads/
Flowcell
Kapazität/
Flowcell
Vorteile
Illumina HiSeq2500
(HighOutput)
2x100 Basen 3,2 Mrd 300 Gb vielfältig einsetzbar,
hoher Durchsatz
Illumina HiSeq2500
(Rapid)
2x250 Basen 600 Mio 150 Gb schnelle Daten-
lieferzeiten

Ausstattung

QIAcube (Qiagen)

  • automatisierte Probenvorbereitung mit Qiagen Kits bis zu 12 Proben


Axio Observer.Z1 Mikroskop (Zeiss)

  • ApoTome
  • Fluoreszenzmikroskopie


BioAnalyzer 2100 (Agilent)

  • Qualitätskontrolle und Quantifizierung von RNA und DNA


Biomek Fx (Beckman Coulter)

  • flexibel programmierbare Protokolle


GS Junior (Roche)

  • Pyrosequenzierung mit langen Leselängen von bis zu 700 bp


HiSeq2500 (Illumina)

  • Hochdurchsatzsequenzierung im High-Throughput oder Rapid Mode vielfältige Kits zur Probenvorbereitung je nach Fragestellung


HPC

  • High-Performance Rechencluster mit vier Recheneinheiten (100 CPUs, 770GB RAM)
    Backup über on-site Tape-Library