Funktionelle Genomanalysen

Die Entwicklung und Anwendung innovativer Verfahren, insbesondere im Bereich der Hochdurchsatzsequenzierung (Next-Generation Sequencing), sowie Verfahren der synthetischen Biologie bilden die Schwerpunkte der Gruppe Functional Genomics unter der Leitung von Dr. Kai Sohn. Sie legen damit die Grundlage beispielsweise zur Identifizierung von Biomarkern für die personalisierte Diagnostik verschiedener klinischer Indikationen, zur molekularen Analyse von Infektionsprozessen oder zur Charakterisierung von Mikroorganismen für die industrielle Biotechnologie. Darüber hinaus werden Verfahren zur qualitativen und quantitativen Erfassung komplexer mikrobieller Metagenome und -transkriptome für die Diagnostik und Umweltbiotechnologie entwickelt und eingesetzt. In der Gruppe wurden hierfür der komplette Workflow und die benötigte Infrastruktur von der Probenvorbereitung, über die Hochdurchsatzsequenzierung bis hin zur bioinformatischen Auswertung etabliert und stehen für Kooperations- und Verbundprojekte sowie für Forschungsaufträge industrieller Kunden zur Verfügung.

Forschungsthemen

 

Funktionelle Genomanalysen mittels NGS

Mittels Next-Generation Sequencing können simultan mehrere hundert Millionen Nukleinsäure-Fragmente sequenziert werden. Wir nutzen NGS für die De-novo-Sequenzierung von Bakterien und Pilzen, Transkriptionsprofilanalysen, die Identifizierung relevanter Gene und das Screening nach Biomarkern für die Diagnostik.

 

Biomarker

Trotz guter medizinischer Standards gibt es bei vielen Erkrankungen bis zum heutigen Tag nur unzulängliche diagnostische Verfahren. Wir nutzen die Technologie des Next-Generation Sequencing, um neue Biomarker für eine verbesserte Diagnostik von beispielsweise Prostatakrebs, COPD oder Infektionserkrankungen zu identifizieren.
 

Infektionsbiologie

Der Hefepilz Candida albicans kann in Patienten mit geschwächtem Immunsystem schwere Infektionen verursachen. Für ein besseres Verständnis der Wechselwirkungen zwischen C. albicans und humanen Zellen nutzen wir zell- und molekularbiologische Methoden wie Infektionsmodelle und Metatranskriptomstudien.
 

Synthetische Biologie

Die synthetische Biologie ermöglicht es, durch den Einbau synthetischer Aminosäuren, einzelne Proteine gezielt zu verändern. Diesen Ansatz nutzen wir beispielsweise, um Virulenzfaktoren des humanpathogenen Pilzes Candida albicans bezüglich ihrer Protein-Protein-Interaktionen zu analysieren.

Organisation und Ansprechpartner

Suchen Sie einen konkreten Ansprechpartner in der Arbeitsgruppe Functional Genomics?

Alumni