In-vitro-Diagnostik

Die Gruppe In-vitro-Diagnostik steht für die Etablierung, Entwicklung und Verwertung diagnostischer Verfahren für biologische und medizinische Anwendungsgebiete. Dabei werden innovative Verfahren der Molekularbiologie, Biochemie und der Bioinformatik entwickelt, kombiniert und angewendet.

Die Technologie der Hochdurchsatzsequenzierung von Nukleinsäuren (Next-Generation Sequencing, NGS) stellt dabei eine der zentralen Technologieplattformen innerhalb des Innovationsfelds dar. So nutzen wir NGS für die De-novo-Sequenzierung von Bakterien und Pilzen, Transkriptionsprofilanalysen, die Identifizierung relevanter Gene und das Screening nach Biomarkern für die (personalisierte) Diagnostik verschiedener klinischer Indikationen.

Dazu steht selbstverständlich die entsprechende Hardware-Infrastruktur zur automatisierten Probenaufarbeitung, zur Hochdurchsatzsequenzierung sowie zur bioinformatischen Analyse komplexer Datenmengen für Kooperations- und Verbundprojekte sowie für Forschungsaufträge industrieller Kunden zur Verfügung. Damit hat das Innovationsfeld die Möglichkeit, komplette Workflows von der Probe (Klinik, Umwelt, Biotechnologie etc.) über die molekularbiologische Analyse (Hochdurchsatzsequenzierung) bis hin zur bioinformatischen Auswertung aus einer Hand anbieten zu können.

Arbeitsgebiete und Technologien

• NGS-basierte Diagnostik
• Präzisionsdiagnostik und Biomarker
• Microbiomics
• Umweltgenomics
• Bioinformatics

In unserer Arbeitsgruppe haben wir einen dreistufigen Arbeitsprozess etabliert, der die Schritte der Probenaufbereitung und der Sequenzierung im Labor wie auch die abschließende, bioinformatische Analyse abdeckt.

Die mittlerweile sehr umfangreiche Auswahl an Probenaufbereitungsprotokollen und bioinformatischen Auswertungsstrategien erschließt uns dabei Anwendungsgebiete, die von Sequenzierungen des humanen Erbmaterials mit Fokus auf der Früherkennung von Tumorerkrankungen, über De-novo-Genom- und De-novo-Transkriptomsequenzierungen biotechnologisch relevanter Produktionsstämme oder humanpathogener Erreger bis hin zu detaillierten Bestimmungen komplexer Bakterienpopulationen in Biozönosen (Metagenome) reichen.